For English version, click here

Beställningar

För information om vilka olika analyser Clinical Genomics erbjuder se Provkrav.

Beställningar inom pågående projekt görs via vår orderportal på clinical.scilifelab.se. Se nedan för instruktioner. För att kunna använda orderportalen måste man vara registrerad användare. Se första stycket här för instruktioner.

För att diskutera nya projekt, kontakta oss på Clinical Genomics genom att skapa en ny ticket här.

Skapa ny beställning

Kontrollera noga att provet uppfyller provkraven samt skickas in i en godkänd provbehållare.

  • För nedanstående analyser fylls antingen ett orderformulär i som laddas upp i orderportalen eller så anges informationen direkt i orderportalen
  • Helgenomsekvensering av humant DNA använd detta orderformulär
  • Se här för instruktioner för scout-analys
  • Se här för instruktioner för fastq-leverans
  • Metagenomik (DNA): se här
  • Helgenomsekvensering mikrobiella prover: se här
  • Färdiga bibliotek som skickas för sekvensering, RML (ready made libraries): se här
  • Panel- och helexomsekvensering: se här och använd detta orderformulär
  • Transkriptom sekvensering (RNA-seq): orderformulär

Prover kan skickas in på valfritt sätt (se adresser nedan). Märk provrören eller provplattan med det ticketnummer som erhölls vid skapandet av beställningen. Detta är viktigt för att vi ska kunna spåra rätt prov till rätt beställning (ticketnummer). Tänk på att det kuvert eller den box som proverna skickas i ej får vara kontaminerad eftersom leveransen hanteras av personer utan skyddskläder.

Obs! Skicka proverna alltid i slutna kuvert för att säkerställa att providentitet/namn inte exponeras.

Veckoschema

För att prover ska kunna startas måste de vara inlagda i vårt system (se ovan) samt fysiskt ha ankommit till Clinical Genomics. Tiderna och datumen nedan visar analysstart (biblioteksberedning):

  • Helgenomsekvensering av humant DNA: fredagar kl 09.00
  • Helgenomsekvensering av humant DNA (low-input protokoll): fredagar kl 09.00
  • Helgenomsekvensering av mikrobiellt DNA (rutindiagnostik): onsdagar kl 09.00
  • Helgenomsekvensering av mikrobiellt DNA (projekt): enligt överenskommelse
  • Färdiga bibliotek som skickas för sekvensering, RML: torsdagar kl 12.00
  • Panel- och helexomsekvensering: fredagar kl 09.00
  • Transkriptom sekvensering (RNA-seq): enligt överenskommelse

Prover som ankommer efter kl 09.00 får ankomstdatum satt till nästkommande vardag.

OBS: om proverna ej klarar ankomstkontroll kommer vi att kontakta er och proverna kommer då gå med vid nästa analysstart. Om ni klickat ”no” i fältet ”Proceed only if QC is ok” går vi vidare med proverna oavsett om de klarat ankomstkontroll eller inte. Notera att dessa prover faktureras oavsett resultat.

Prioritering av prover

Se kontraktets prisbilaga för prissättning. För analystider, se kontrakt.

  • Research: Provet analyseras enligt veckoschemat ovan.

  • Clinical Trial: Provet analyseras enligt veckoschemat ovan.

  • Standard: Provet (diagnostiskt) analyseras enligt veckoschemat ovan.

  • Priority: Provet (diagnostiskt) analyseras enligt veckoschemat, men provet får förtur vid varje möjligt tillfälle. Tex först till sekvensering och först till bioinformatisk analys. Ingen extra kostnad för detta, men förutsätter "fair usage".

  • Express: Provet (diagnostiskt) analyseras snarast och utanför veckoschemat. Förväntad leveranstid ca 5-7 arbetsdagar (beroende på bemanning och veckodagen vi får provet). Extra kostnad 5000 kr/prov. Tillgänglighet för denna analys bekräftas separat för varje prov. Var vänlig kontakta oss med förfrågan om att skicka in expressprov via support@clinicalgenomics.se, där du uppger namn och telefonnummer. Vi hör av oss så fort som möjligt för att diskutera upplägget och möjligheten för detta närmare!


Leverans av prover

Telefon: 08 - 5248 1500 E-mail: support@clinicalgenomics.se

OBS: Clinical Genomics kan ej ta emot prover de dagar vi meddelat att faciliteten har stängt. Vid osäkerhet, vänligen kontakta support@clinicalgenomics.se

För personlig leverans, kontakta oss i förväg.

Med kurir

Clinical Genomics / SciLifeLab
Att: Clinical Genomics, Gamma 4, support@clinicalgenomics.se
Tomtebodavägen 23B
171 65 Solna, Sverige

OBS: Öppettider för mottagning av kurir är: vardagar 08.00 - 16.00

Med post

Clinical Genomics / SciLifeLab
Att: Clinical Genomics, Gamma 4, support@clinicalgenomics.se
PO Box 1031
171 21 Solna, Sverige

OBS: Detta alternativ bör inte användas för snabb provinlämning.

Reception

Prover kan även lämnas personligen till receptionen på SciLifeLab. Vi är normalt tillgängliga mellan 8.00 och 15.00 för att ta emot prover.

Besöksadress

Clinical Genomics, Gamma 4
Tomtebodavägen 23A
171 65 Solna, Sverige

Orders

Information concerning the analyses offered at Clinical Genomics see Provkrav.

Orders of ongoing projects are done through the order portal at clinical.scilifelab.se. See below for instructions. You need to be a registered user to be able to place an order through the order portal. For instructions see first section in the following link här.

To discuss new projects, contact us at Clinical Genomics by creating a new ticket here.

Make an order

Make sure that the samples fulfills the sample requirements and are send in a correct container.

  • For below analysis either an orderform can be filled in and uploaded in the order portal, or the information can be filled in directly in the order portal.
    • Whole Genome Sequencing of human DNA use this orderform:
      • See here for instructions for scout analysis
      • See here for instructions for fastq delivery
    • Metagenomic (DNA): See here for instructions
    • Whole Genome Sequencing of Microbial samples: See here
    • Ready made libraries (RML), sent in for sequencing: See here
    • Panel- and Whole Exome Sequencing: See here and use this orderform
    • Transcriptome Sequencing (RNA-seq): orderform

The samples can be sent using any of the options below. The sample container needs to be marked with the ticket number that was received when the order was placed. This is of great importance to be able to trace the samples to the correct order. The box which the samples are delivered in, needs to be clean from contaminations since the personnel receiving the delivery do not wear any protective clothes.

NB! Always used closed envelopes to make sure sample identity/name is not exposed.

Weekly schedule

To be able to start the library preparation, the samples needs to be in the order portal and have been received by Clinical Genomics. The dates and time below show the start of the library preparation:

  • Whole Genome Sequencing of human DNA: Fridays at 09.00
  • Whole Genome Sequencing of human DNA (low-input protocol): Fridays at 09.00
  • Whole Genome Sequencing of microbial DNA (routine/diagnostic): Wednesdays at 09.00
  • Whole Genome Sequencing of microbial DNA (projects): by agreement
  • Ready Made Libraries (RML), sent in for sequencing: Thursdays at 12.00
  • Panel- and Whole Exome Sequencing: Fridays at 09.00
  • Transcriptome Sequencing (RNA-seq): by agreement

Samples that are recieved after 09.00 will get the arrival date of the upcoming weekday.

Note: We will contact you through SupportSystems if the samples do not pass the reception control and the samples will be library prepared with the next scheduled library preparation. If the "no" option in the order has been used in the "Proceed only if QC is ok", the samples will be library prepared even if the reception control fails. These samples will be invoiced no matter if the library preparation fails or pass.

Prioritization of samples

See the price attachment in the contract for the pricing. For turnaround time, see contract.

  • Research: Samples will be library prepared according to the schedule

  • Clinical Trial: Samples will be library prepared according to the schedule

  • Standard: Samples (diagnostic) will be library prepared according to the schedule

  • Priority: Samples (diagnostic) will be library prepared according to the schedule, but the samples will be prioritized. For example a prioritized sample will be sequenced before a "standard" sample, in case of capacity limitations in the sequencing instrument. No extra cost will be invoiced but it anticipates "fair usage".

  • Express: Samples (diagnostic) will be library prepared and sequenced outside the weekly schedule. Expected delivery time is 5-7 days, depending on available personnel and the week day that the samples are received. An extra cost of 5000kr will be invoiced per sample. Please contact us through support@clinicalgenomics.se for express samples requests. State your name and phone number and we will get back to you as soon as possible to discuss availability for this prioritization!

Delivery of samples

Phone: 08 - 5248 1500 E-mail: support@clinicalgenomics.se

Note: Clinical Genomics can not receive samples when we communicated that the facility is closed. If uncertain, please contact support@clinicalgenomics.se

On personal delivery, please contact us in advance.

By courier

Clinical Genomics / SciLifeLab
Att: Clinical Genomics, Gamma 4, support@clinicalgenomics.se
Tomtebodavägen 23B
171 65 Solna, Sweden

Note: Opening hours for receiving samples by courier: weekdays 08.00 - 16.00

By mail

Clinical Genomics / SciLifeLab
Att: Clinical Genomics, Gamma 4, support@clinicalgenomics.se
PO Box 1031
171 21 Solna, Sweden

Note: This alternative should not be used for fast sample deliveries.

Reception

Samples can personally be delivered to the reception at SciLifeLab. We are typically available weekdays 08.00 - 15.00 for receiving samples.

Visiting address

Att: Clinical Genomics, Gamma 4, support@clinicalgenomics.se
Tomtebodavägen 23A
171 65 Solna, Sweden