For English version, see end of this page

Provkrav

Om nedan angivna provkrav uppfylls men analysen trots det misslyckas gör vi alltid ett nytt analysförsök (förutsatt att ”önskad mängd” prov har skickats). Om även den andra analysomgången skulle misslyckas, så faktureras en analys, i och med att det antas vara provrelaterade problem. Detta gäller ej den mikrobiella applikationen MWXNXxR002 (>176 prover).

Alla koncentrationer skall mätas med fluorescencebaserade instrument, t.ex. Qubit (Invitrogen).

Om era prover inte uppfyller provkraven nedan, kontakta Clinical Genomics innan prover skickas.


Panel- och helexomsekvensering

Mängd:

Skicka alltid >15 ul prov, men se till att totalmängd DNA uppnås (se nedan).

  • Helexomsekvensering (EXOKTTRxxx):
    • Önskad mängd: 300 ng (minimum 50 ng)
    • Koncentration:
      • För minimum mängd: (50 ng): >2 ng/ul
      • För önskad mängd: (300ng): >8.5 ng/ul
  • Panelsekvensering (PANKTTRxxx)
    • Önskad mängd: 300 ng (minimum 50 ng)
    • Koncentration:
      • För minimum mängd: (50 ng): >2 ng/ul
      • För önskad mängd: (300ng): >8.5 ng/ul
  • Panelsekvensering av cfDNA (PANKTTRxxx)
    • Önskad mängd: >20 ng (minimum 10 ng)
    • Koncentration: >0.1 ng/ul

Provursprung: Blod, vävnad, saliv, cellfritt DNA. P.g.a. hög risk av bakteriell kontaminering, kan Clinical Genomics ej garantera hög analyskvalité för salivprover.

Provbehållare:

  • 1 - 3 prover: 96-hålsplatta eller 0.5 - 2 mL rör
  • > 4 prover: 96-hålsplatta

Information om 96-håls plattor:

  • Använd Eppendorf twin.tec 96 PCR plates, full-skirted (Eppendorf, cat#: 951020427 eller cat#: 0030 128.656)
  • Lägg proverna kolumnvis och börja med kolumn 1, dvs. prov 1 i A1, prov 2 i B1 osv.
  • Förslut plattan väl för att undvika kontamination mellan brunnar, exempelvis med Thermo Scientific™ Adhesive PCR Foil Plate Seal (Fisher AB-0626).

Information om rör:

  • 0.5 - 2 mL rör (t.ex. Eppendorf)
  • Rören måste ha "flip caps" eller skruvlock med utvändiga gängor (markera både rör och lock med prov-id)

Buffert:

  • DNA provet ska elueras med nukleasfritt vatten eller Tris-HCl pH 8-8.5 (t.ex. EB buffert).
  • Bufferten får inte innehålla några enzyminhiberande komponenter t.ex. EDTA och Natriumazid.

Bait sets:

Vid beställning av helexomsekvensering (EXOKTTRxxx) behöver bait set ej specificeras i ordern, utan för alla EXOKTTRxxx-applikationer används: Twist core exome v1.3 (33Mb) + Twist Human RefSeq Panel (3.6Mb).

Vid panelsekvensering (PANKTTRxxx) måste bait set specificeras i ordern, med något av nedan följande alternativ. Kontakta Clinical Genomics om ni önskar lägga till ett nytt bait set eller vill ha mer information om tillgängliga bait set.

  • LymphoMATIC
  • GIcfDNA
  • GMCKsolid
  • GMSmyeloid

Helgenomsekvensering av humant DNA (PCR-fritt protokoll)

Mängd:

Skicka alltid >15 ul prov, men se till att totalmängd DNA uppnås (se nedan).

  • DNA PCR-free (WGSPCFCxxx):
    • Önskad mängd: 2500 ng (minimum 1300 ng)
    • Koncentration: >25 ng/ul
  • Low-input DNA PCR-free (WGSLIFCxxx), 1600 kr/prov dyrare än standard PCR-free:
    • Önskad mängd: 400 ng (minimum 200 ng)
    • Koncentration: >8 ng/ul

Provursprung: Blod, vävnad, och saliv. P.g.a. hög risk av bakteriell kontaminering, kan Clinical Genomics ej garantera hög analyskvalité för salivprover.

Provbehållare:

  • 1 - 3 prover: 96-hålsplatta eller 0.5 - 2 mL rör
  • > 4 prover: 96-hålsplatta

Information om 96-håls plattor:

  • Använd Eppendorf twin.tec 96 PCR plates, full-skirted (Eppendorf, cat#: 951020427 eller cat#: 0030 128.656)
  • Lägg proverna kolumnvis och börja med kolumn 1, dvs. prov 1 i A1, prov 2 i B1 osv.
  • Förslut plattan väl för att undvika kontamination mellan brunnar, exempelvis med Thermo Scientific™ Adhesive PCR Foil Plate Seal (Fisher AB-0626).

Information om rör:

  • 0.5 - 2 mL rör (t.ex. Eppendorf)
  • Rören måste ha "flip caps" eller skruvlock med utvändiga gängor (markera både rör och lock med prov-id)

Metagenomik DNA (PCR-fritt protokoll)

Mängd:

Skicka alltid >15 ul prov, men se till att totalmängd DNA uppnås (se nedan).

  • DNA PCR-free (MExPCFRxxx):
    • Önskad mängd: 2500 ng (minimum 1300 ng)
    • Koncentration: >25 ng/ul
  • low-input PCR-free (MExLIFRxxx), 1600 kr/prov dyrare än standard PCR-free:
    • Önskad mängd: 400 ng (minimum 200 ng)
    • Koncentration: >8 ng/ul

Provbehållare:

  • 1 - 3 prover: 96-hålsplatta eller 0.5 - 2 mL rör
  • > 4 prover: 96-hålsplatta

Information om 96-håls plattor:

  • Använd Eppendorf twin.tec 96 PCR plates, full-skirted (Eppendorf, cat#: 951020427 eller cat#: 0030 128.656)
  • Lägg proverna kolumnvis och börja med kolumn 1, dvs. prov 1 i A1, prov 2 i B1 osv.
  • Förslut plattan väl för att undvika kontamination mellan brunnar, exempelvis med Thermo Scientific™ Adhesive PCR Foil Plate Seal (Fisher AB-0626).

Information om rör:

  • 0.5 - 2 mL rör (t.ex. Eppendorf)
  • Rören måste ha "flip caps" eller skruvlock med utvändiga gängor (markera både rör och lock med prov-id)

Helgenomsekvensering av mikrobiellt DNA (PCR-baserat protokoll).

Notera att för applikationen MWXNXTR003 (>176 prover) kommer enstaka prover inte köras om vid misslyckad analys. Alla prover faktureras oavsett analysresultat. Negativa kontroller bör namnges NTC# (där #=1,2,3 osv).

OBS: för att kunna erbjuda ett så lågt pris som möjligt för denna analys är det ett absolut krav att prover lämnas in enligt angivelser nedan. Avvikande prover/projekt faktureras extra:

Mängd:

  • Nextera DNA Sample Preparation Kit (MWxNXTR003):
    • Önskad mängd: 50 ng
    • Koncentration: Prover måste normaliseras till 5 - 15 ng/ul
    • Volym: >15 ul

Provbehållare:

  • 1 - 3 prover: 96-hålsplatta eller 0.5 - 2 mL rör
  • > 4 prover: 96-hålsplatta

Information om 96-håls plattor:

  • Använd Eppendorf twin.tec 96 PCR plates, full-skirted (Eppendorf, cat#: 951020427 eller cat#: 0030 128.656)
  • Lägg proverna kolumnvis och börja med kolumn 1, dvs. prov 1 i A1, prov 2 i B1 osv. OBS: Lämna kolumn 12 (A12- H12) tom. Denna kolumn används för interna negativa kontroller.
  • Max antal prover per platta är således 88 st. När fler än en platta skickas in får endast den sista plattan innehålla färre än 88 prover.
  • Förslut plattan väl för att undvika kontamination mellan brunnar, exempelvis med Thermo Scientific™ Adhesive PCR Foil Plate Seal (Fisher AB-0626).

Information om rör:

  • 0.5 - 2 mL rör (t.ex. Eppendorf)
  • Rören måste ha "flip caps" eller skruvlock med utvändiga gängor (markera både rör och lock med prov-id)

Extraktion:

  • Vi rekommenderar att varje extraktion innehåller minst en negativ kontroll.
  • OBS: Vi tar ej emot prover extraherade på MagNApure 96 (Roche). Kontakta Clinical Genomics före beställning om prover redan är extraherade på detta sätt.

Buffert:

  • Proverna får ej elueras i buffert innehållandes enzyminhiberande komponenter såsom EDTA och Natriumazid. Varken TE- eller AE-buffert kan användas.
  • Exempel på buffertar som fungerar bra är nukleasfritt vatten eller Tris-HCl pH 8-8.5 (t.ex. EB buffert)
  • Kontakta Clinical Genomics före beställning om prover redan är eluerade i ej tillåtna buffertar.

Transkriptom sekvensering (RNA-seq)

OBS: RNA prover är känsliga för degradering och skall levereras som frysleverans.

Mängd och RNA kvalité:

Skicka alltid >15 ul prov, men se till att toalmängd DNA uppnås (se nedan).

  • Stranded mRNA (RNAPOARxxx, RNLPOARxxx):
    • Önskad mängd: 600 ng (minimum 300 ng)
    • Koncentration: >8 ng/ul
    • Rekommenderat RIN-värde (RNA integrated value): >8.0

Provbehållare:

  • 1 - 3 prover: 96-hålsplatta eller 0.5 - 2 mL rör
  • > 4 prover: 96-hålsplatta

Information om 96-håls plattor:

  • Använd Eppendorf twin.tec 96 PCR plates, full-skirted (Eppendorf, cat#: 951020427 eller cat#: 0030 128.656)
  • Lägg proverna kolumnvis och börja med kolumn 1, dvs. prov 1 i A1, prov 2 i B1 osv.
  • Förslut plattan väl för att undvika kontamination mellan brunnar, exempelvis med Thermo Scientific™ Adhesive PCR Foil Plate Seal (Fisher AB-0626).

Information om rör:

  • 0.5 - 2 mL rör (t.ex. Eppendorf)
  • Rören måste ha "flip caps" eller skruvlock med utvändiga gängor (markera både rör och lock med prov-id)


Sample requirements

If a submitted sample fulfill requirements but analysis fail we will do a second attempt to analyze the sample (granted that there is enough material). If the second analysis fails we will invoice the failed samples. This is not adapted to the microbial application MWXNXxR002 ((>176 prover), see section Microbial WGS below.

DNA concentration must be measured with a fluorophore-based approach (e.g. Qubit (Invitrogen), Quant-iT (Invitrogen) or similar).

**If samples fail the requirements, please contact Clinical Genomics prior to submission. **


Panel- and Whole Exome-sequencing

Amount:

Always submit >15 ul. However, ensure that the total amount of DNA is sufficient (see below).

  • Whole Exome Sequencing (EXOKTTRxxx):
    • Recommended amount: 300 ng (minimum amount 50 ng)
    • Concentration:
      • For minimum amount (50 ng): >2 ng/ul
      • For recommended amount (300 ng): >8.5 ng/ul
  • Panel Sequencing (PANKTTRxxx)
    • Recommended amount: 300 ng (minimum amount 50 ng)
    • Concentration:
      • For minimum amount (50 ng): >2 ng/ul
      • For wanted amount (300 ng): >8.5 ng/ul
  • Panel Sequencing of cfDNA (PANKTTRxxx)
    • Recommended amount: >20 ng (minimum amount 10 ng)
    • Concentration: >0.1 ng/ul

Sample source: Blood, tissue, saliva, cell free DNA. Due of bacterial contamination, Clinical Genomics do not guarantee successful sequencing of saliva samples.

Container:

  • 1 - 3 samples: 96 well plate or 0.5 - 2 mL tubes
  • > 4 samples: 96 well plate

Information about the 96 well plates:

  • Use Eppendorf twin.tec 96 PCR plates, full-skirted (Eppendorf, cat#: 951020427 or cat#: 0030 128.656)
  • Load the samples into the plate column wise and not row wise. Sample 1 should be in well A1, sample 2 in well B1 etc.
  • Seal the plate tightly to avoid contamination between wells, with for example Thermo Scientific™ Adhesive PCR Foil Plate Seal (Fisher AB-0626).

Information about the tubes:

  • 0.5 - 2 mL tubes (for example Eppendorf)
  • Tubes must have flip caps or screw caps with external thread (mark tube and cap with sample id).

Sample buffer:

  • The DNA sample should be eluted in nuclease- free water or buffer EB.
  • The buffer must not contain any enzyme inhibitors such as EDTA or Sodium azide.

Bait sets:

When ordering whole exome sequencing (EXOKTTRxxx), a bait set doesn't have to be specified in the order, since all EXOKTTRxxx-applications uses Twist core exome v1.3 (33Mb) + Twist Human RefSeq Panel (3.6Mb).

When ordering panel sequencing (PANKTTRxxx) bait set has to be specified in the order, with one of the options below. Contact Clinical Genomics if you wish to add a new bait set or want to have more information about available bait sets.

  • LymphoMATIC
  • GIcfDNA
  • GMCKsolid
  • GMSmyeloid

Whole Genome Sequencing of human DNA (PCR-free protocol)

Amount:

Always submit >15 ul. However, ensure that the total amount of DNA is sufficient (see below).

  • DNA PCR-free (WGSPCFCxxx):
    • Recommended amount: 2500 ng (minimum amount 1300 ng)
    • Concentration: >25 ng/ul
  • Low-input DNA PCR-free (WGSLIFCxxx). Costs additionally 1600 SEK/sample compared to standard protocol.
    • Recommended amount 400 ng (minimum amount 200 ng)
    • Concentration: >8 ng/ul

Sample source: Blood, tissue, saliva, cell free DNA. Due of bacterial contamination, Clinical Genomics do not guarantee successful sequencing of saliva samples.

Container:

  • 1 - 3 samples: 96 well plate or 0.5 - 2 mL tubes
  • > 4 samples: 96 well plate

Information about the 96 well plates:

  • Use Eppendorf twin.tec 96 PCR plates, full-skirted (Eppendorf, cat#: 951020427 or cat#: 0030 128.656)
  • Load the samples into the plate column wise and not row wise. Sample 1 should be in well A1, sample 2 in well B1 etc.
  • Seal the plate tightly to avoid contamination between wells, with for example Thermo Scientific™ Adhesive PCR Foil Plate Seal (Fisher AB-0626).

Information about the tubes:

  • 0.5 - 2 mL tubes (for example Eppendorf)
  • Tubes must have flip caps or screw caps with external thread (mark tube and cap with sample id).

Metagenomic DNA (PCR-free protocol)

Amount:

Always submit >15 ul. However, ensure that the total amount of DNA is sufficient (see below).

  • DNA PCR-free (MExPCFRxxx):
    • Recommended amount: 2500 ng (minimum amount 1300 ng)
    • Concentration: >25 ng/ul
  • Low-input PCR-free (MExLIFRxxx). Costs additionally 1600 SEK/sample compared to standard protocol.
    • Recommended amount 400 ng (minimum amount 200 ng)
    • Concentration: >8 ng/ul

Container:

  • 1 - 3 samples: 96 well plate or 0.5 - 2 mL tubes
  • > 4 samples: 96 well plate

Information about the 96 well plates:

  • Use Eppendorf twin.tec 96 PCR plates, full-skirted (Eppendorf, cat#: 951020427 or cat#: 0030 128.656)
  • Load the samples into the plate column wise and not row wise. Sample 1 should be in well A1, sample 2 in well B1 etc.
  • Seal the plate tightly to avoid contamination between wells, with for example Thermo Scientific™ Adhesive PCR Foil Plate Seal (Fisher AB-0626).

Information about the tubes:

  • 0.5 - 2 mL tubes (for example Eppendorf)
  • Tubes must have flip caps or screw caps with external thread (mark tube and cap with sample id).

Whole genome sequencing of microbial DNA (PCR-based protocol).

For application MWXNXTR003, analysis of samples will be attempted once (i.e. no attempt to analyze drop out samples, or samples that do not achieve target of 50x coverage). All submitted samples will be invoiced. Negative controls should be named NTC# (where #=1,2,3 etc.)

Note: In order to benefit from the development work we have done on reducing the cost of microbial whole genome sequencing, we request that all projects submitted for this analysis fully adhere to the instructions provided below. Lack of compliance may lead to Clinical Genomics being unable to accept the samples for sequencing, or alternatively refer the samples to a different microbial whole genome sequencing workflow. The alternative workflows are more expensive.

Amount:

  • Nextera DNA Sample Preparation Kit (MWxNXTR003):
    • Recommended amount: 50 ng
    • Concentration: All samples must be normalized to 5- 15 ng/ul
    • Volume: >15 ul

Container:

  • 1 - 3 samples: 96 well plate or 0.5 - 2 mL tubes
  • > 4 samples: 96 well plate

Information about the 96 well plates:

  • Use Eppendorf twin.tec 96 PCR plates, full-skirted (Eppendorf, cat#: 951020427 or cat#: 0030 128.656)
  • Load the samples into the plate column wise and not row wise. Sample 1 should be in well A1, sample 2 in well B1 etc. Note: Leave column 12, A12-H12, empty. This column is used for internal controls.
  • If sending more than one whole plate, fill all plates with 88 samples. Only the last plate can have less than 88 samples.
  • Seal the plate tightly to avoid contamination between wells, with for example Thermo Scientific™ Adhesive PCR Foil Plate Seal (Fisher AB-0626).

Information about the tubes:

  • 0.5 - 2 mL tubes (for example Eppendorf)
  • Tubes must have flip caps or screw caps with external thread (mark tube and cap with sample id).

Extraction:

  • We recommend that each plate should include a negative extraction control (using water/EB-buffer instead of sample).
  • Note: We do not analyze samples extracted with MagNaPure 96 (Roche). Please contact Clinical Genomics prior to submission if your samples already are extracted with this system.

Sample Buffer:

  • Extracted DNA cannot be eluted in buffers containing enzyme inhibiting components such as EDTA or Natriumazid. AE- and TE buffers is not possible to use.
  • Examples of buffers that are accetable to use are Nuclease-free water or buffer EB.
  • Please contact Clinical Genomics prior to submission if your samples already are eluted in non accepted buffers.

Transcriptome sequencing (RNA-seq)

Note that RNA-samples easily are degraded. It is important to minimize the number of freeze-thawing and to deliver them frozen.

Amount and quality:

Always submit >15 ul. However, ensure that the total amount of DNA is sufficient (see below).

  • Stranded mRNA (RNAPOARxxx, RNLPOARxxx):
    • Recommended amount: 600 ng (minimum amount 300 ng)
    • Concentration: >8 ng/ul
    • Recommended RNA integrity number (RIN-value): >8.0

Container:

  • 1 - 3 samples: 96 well plate or 0.5 - 2 mL tubes
  • > 4 samples: 96 well plate

Information about the 96 well plates:

  • Use Eppendorf twin.tec 96 PCR plates, full-skirted (Eppendorf, cat#: 951020427 or cat#: 0030 128.656)
  • Load the samples into the plate column wise and not row wise. Sample 1 should be in well A1, sample 2 in well B1 etc.
  • Seal the plate tightly to avoid contamination between wells, with for example Thermo Scientific™ Adhesive PCR Foil Plate Seal (Fisher AB-0626).

Information about the tubes:

  • 0.5 - 2 mL tubes (for example Eppendorf)
  • Tubes must have flip caps or screw caps with external thread (mark tube and cap with sample id).

Senast uppdaterad av webmaster

Last Updated