For English version, see end of this page

Provkrav

Om nedan angivna provkrav uppfylls men analysen trots det misslyckas gör vi alltid ett nytt analysförsök (förutsatt att ”önskad mängd” prov har skickats). Om även den andra analysomgången skulle misslyckas, så faktureras en analys, i och med att det antas vara provrelaterade problem. Detta gäller ej den mikrobiella applikationen MWXNXxR002 (>176 prover).

Alla koncentrationer skall mätas med fluorescencebaserade instrument, t.ex. Qubit (Invitrogen).

Om era prover inte uppfyller provkraven nedan, kontakta Clinical Genomics innan prover skickas.


Panel- och helexomsekvensering

Mängd

Skicka alltid >15 ul prov, men se till att totalmängd DNA uppnås (se nedan).

  • Helexomsekvensering (EXOTTTRxxx):
    • Önskad mängd: 300 ng (minimum 50 ng)
    • Koncentration:
      • För minimum mängd: (50 ng): >2 ng/ul
      • För önskad mängd: (300ng): >8.5 ng/ul
  • Panelsekvensering (PANTTTRxxx)
    • Önskad mängd: 300 ng (minimum 50 ng)
    • Koncentration:
      • För minimum mängd: (50 ng): >2 ng/ul
      • För önskad mängd: (300ng): >8.5 ng/ul
  • Panelsekvensering av cfDNA (PANTTTRxxx)
    • Önskad mängd: >20 ng (minimum 10 ng)
    • Koncentration: >0.1 ng/ul

Provursprung: Blod, vävnad, saliv, cellfritt DNA. P.g.a. hög risk av bakteriell kontaminering, kan Clinical Genomics ej garantera hög analyskvalité för salivprover.

Provbehållare:

  • Rör (med följande egenskaper):
    • 0.5 - 2 mL (t.ex. Eppendorf)
    • Skruvlock med utvändiga gängor. (markera rören och locken med prov-id).
    • Rör med "flip caps" (markera rören och locken med prov-id).
  • Skicka i 96-hålsplatta om fler än 8 prover skickas in. Använd följande platta och förslutning:
    • Eppendorf twin.tec 96 PCR plate (full-skirted). Eppendorf, cat#: 951020427.
    • Lägg proverna kolumnvis och börja med kolumn 1, dvs. prov 1 i A1, prov 2 i B1 osv.
    • Försluten med "välvda" lock (domed cap strips). Thermo Scientific, cat#: AB0602. OBS: se till att locken trycks fast ordentligt.

Buffert:

  • DNA provet ska elueras med nukleasfritt vatten eller 10 mM Tris-HCl pH 8-8.5 (t.ex. EB buffert).
  • Bufferten får inte innehålla några enzyminhiberande komponenter t.ex. EDTA och Natriumazid.

Bait sets:

Vid helexomsekvensering används bait set Twist core exome v1.3 (33Mb) + Twist Human RefSeq Panel (3.6Mb)

Vid panelsekvensering måste bait set specificeras. Se nedan för möjliga alternativ. Kontakta Clinical Genomics om ni önskar lägga till en panel eller önskar mer information om befintliga paneler.

  • LymphoMATIC
  • GIcfDNA
  • GMCKsolid
  • GMSmyeloid

Helgenomsekvensering av humant DNA (PCR-fritt protokoll)

Mängd:

Skicka alltid >15 ul prov, men se till att totalmängd DNA uppnås (se nedan).

  • DNA PCR-free (WGSPCFCxxx):
    • Önskad mängd: 2500 ng (minimum 1300 ng)
    • Koncentration: >25 ng/ul
  • Low-input DNA PCR-free (WGSLIFCxxx), 1600 kr/prov dyrare än standard PCR-free:
    • Önskad mängd: 400 ng (minimum 200 ng)
    • Koncentration: >8 ng/ul

Provursprung: Blod, vävnad, och saliv. P.g.a. hög risk av bakteriell kontaminering, kan Clinical Genomics ej garantera hög analyskvalité för salivprover.

Provbehållare:

  • Rör (med följande egenskaper):
    • 0.5 - 2 mL (t.ex. Eppendorf)
    • Skruvlock med utvändiga gängor. (markera rören och locken med prov-id).
    • Rör med "flip caps". (markera rören och locken med prov-id).
  • Skicka i 96-hålsplatta om fler än 8 prover skickas in. Använd följande platta och förslutning:
    • Eppendorf twin.tec 96 PCR plate (full-skirted). Eppendorf, cat#: 951020427.
    • Lägg proverna kolumnvis och börja med kolumn 1, dvs. prov 1 i A1, prov 2 i B1 osv.
    • Försluten med "välvda" lock (domed cap strips). Thermo Scientific, cat#: AB0602. OBS: se till att locken trycks fast ordentligt.

Metagenomik DNA (PCR-fritt protokoll)

Mängd:

Skicka alltid >15 ul prov, men se till att totalmängd DNA uppnås (se nedan).

  • DNA PCR-free (MExPCFRxxx):
    • Önskad mängd: 2500 ng (minimum 1300 ng)
    • Koncentration: >25 ng/ul
  • low-input PCR-free (MExLIFRxxx), 1600 kr/prov dyrare än standard PCR-free:
    • Önskad mängd: 400 ng (minimum 200 ng)
    • Koncentration: >8 ng/ul

Provbehållare:

  • Skicka i 96-hålsplatta om fler än 8 prover skickas in. Använd följande platta och förslutning:
    • Eppendorf twin.tec 96 PCR plate (full-skirted). Eppendorf, cat#: 951020427.
    • Lägg proverna kolumnvis och börja med kolumn 1, dvs. prov 1 i A1, prov 2 i B1 osv.
    • Förslut plattan mycket väl för att undvika kontaminering mellan brunnar.
  • Rör (med följande egenskaper):
    • 0.5 - 2 mL (t.ex. Eppendorf)
    • Skruvlock med utvändiga gängor. (markera rören och locken med prov-id).
    • Rör med "flip caps". (markera rören och locken med prov-id).

Helgenomsekvensering av mikrobiellt DNA (PCR-baserat protokoll).

Notera att för applikationen MWXNXTR003 (>176 prover) kommer enstaka prover inte köras om vid misslyckad analys. Alla prover faktureras oavsett analysresultat. Negativa kontroller bör namnges NTC# (där #=1,2,3 osv).

OBS: för att kunna erbjuda ett så lågt pris som möjligt för denna analys är det ett absolut krav att prover lämnas in enligt angivelser nedan. Avvikande prover/projekt faktureras extra:

Mängd:

  • Nextera DNA Sample Preparation Kit (MWxNXTR003):
    • Önskad mängd: 50 ng
    • Koncentration: Prover måste normaliseras till 5 - 15 ng/ul
    • Volym: >15 ul

Provbehållare:

  • Prover måste skickas in i 96-hålsplatta om fler än 8 prover ska analyseras (gärna Eppendorf twin.tec (Eppendorf, cat#: 951020427).
  • Lägg proverna kolumnvis och börja med kolumn 1, dvs. prov 1 i A1, prov 2 i B1 osv. Lämna sista kolumnen (A12-H12) tom.
  • Max antal prover per platta är således 88 st. När fler än en platta skickas in får endast den sista plattan innehålla färre än 88 prover.
  • Förslut plattan mycket väl för att undvika kontaminering mellan brunnar.

Extraktion:

  • Vi rekommenderar att varje extraktion innehåller minst en negativ kontroll.
  • OBS: Vi tar ej emot prover extraherade på MagNApure 96 (Roche). Kontakta Clinical Genomics före beställning om prover redan är extraherade på detta sätt.

Buffert: Proverna får ej elueras i buffert innehållande EDTA. Varken TE- eller AE-buffert kan användas. Kontakta Clinical Genomics före beställning om prover redan är eluerade i dessa buffertar.


Transkriptom sekvensering (RNA-seq)

OBS: RNA prover är känsliga för degradering och skall levereras som frysleverans.

Mängd och RNA kvalite:

Skicka alltid >15 ul prov, men se till att toalmängd DNA uppnås (se nedan).

  • Stranded mRNA (RNAPOARxxx, RNLPOARxxx):
    • Önskad mängd: 600 ng (minimum 300 ng)
    • Koncentration: >8 ng/ul
    • Rekommenderat RIN-värde (RNA integrated value): >8.0

Provbehållare:

  • Skicka i 96-hålsplatta om fler än 8 prover skickas in. Använd följande platta och förslutning:
    • Eppendorf twin.tec 96 PCR plate (full-skirted). Eppendorf, cat#: 951020427.
    • Lägg proverna kolumnvis och börja med kolumn 1, dvs. prov 1 i A1, prov 2 i B1 osv.
    • Försluten med "välvda" lock (domed cap strips). Thermo Scientific, cat#: AB0602. OBS: se till att locken trycks fast ordentligt.
  • Rör (med följande egenskaper):
    • 0.5 - 2 mL (t.ex. Eppendorf)
    • Skruvlock med utvändiga gängor. (markera rören och locken med prov-id).
    • Rör med "flip caps". (markera rören och locken med prov-id).


Sample requirements

If a submitted sample fulfill requirements but analysis fail we will do a second attempt to analyze the sample (granted that there is enough material). If the second analysis fails we will invoice the failed samples. This is not adapted to the microbial application MWXNXxR002 ((>176 prover), see section Microbial WGS below.

DNA concentration must be measured with a fluorophore-based approach (e.g. Qubit (Invitrogen), Quant-iT (Invitrogen) or similar).

**If samples fail the requirements, please contact Clinical Genomics prior to submission. **


Panel- and Whole Exome-sequencing

Amount:

Always submit >15 ul. However, ensure that the total amount of DNA is sufficient (see below).

  • Whole Exome Sequencing (EXOTTTRxxx):
    • Recommended amount: 300 ng (minimum amount 50 ng)
    • Concentration:
      • For minimum amount (50 ng): >2 ng/ul
      • For recommended amount (300 ng): >8.5 ng/ul
  • Panel Sequencing (PANTTTRxxx)
    • Recommended amount: 300 ng (minimum amount 50 ng)
    • Concentration:
      • For minimum amount (50 ng): >2 ng/ul
      • For wanted amount (300 ng): >8.5 ng/ul
  • Panel Sequencing of cfDNA (PANTTTRxxx)
    • Recommended amount >20 ng (minimum amount 10 ng)
    • Concentration: >0.1 ng/ul

Sample source: Blood, tissue, saliva, cell free DNA. Due of bacterial contamination, Clinical Genomics do not guarantee successful sequencing of saliva samples.

Container:

  • Tubes:
    • 0.5 - 2 mL (e.g. Eppendorf)
    • Tubes with flip caps
    • Tubes with screw caps, external thread (mark tube and cap with sample id)
  • Use a whole 96-well plate if submitting more than 8 samples. Use following plate and seal:
    • Plate: Eppendorf twin.tec 96 PCR plate (full-skirted). Eppendorf, cat#: 951020427
    • Seal: Domed cap strips. Thermo Scientific, cat#: AB0602.
    • Samples should be loaded on the plate in columns wise and not in row wise. Sample 1 should be in well A1, sample 2 in well B1, sample 3 in C1, etc.
    • Seal plate thoroughly to avoid contamination between wells.

Sample buffer:

  • The DNA sample should be eluted in Nuclease free water or 10 mM Tris-HCl pH 8-8.5 (e.g. buffer EB).
  • The buffer must not contain any enzyme inhibitors such as EDTA or Sodium azide.

Bait sets:

When ordering whole exome sequencing following bait set is used Twist core exome v1.3 (33Mb) + Twist Human RefSeq Panel (3.6Mb)

When ordering panel sequencing bait set needs to be specified. See below for available options. Contact Clinical Genomics if you wish to add a new bait set or wish to have more information regarding a specific bait set.

  • LymphoMATIC
  • GIcfDNA
  • GMCKsolid
  • GMSmyeloid

Whole Genome Sequencing of human DNA (PCR-free protocol)

Amount:

Always submit >15 ul. However, ensure that the total amount of DNA is sufficient (see below).

  • DNA PCR-free (WGSPCFCxxx):
    • Recommended amount: 2500 ng (minimum amount 1300 ng)
    • Concentration: >25 ng/ul
  • Low-input DNA PCR-free (WGSLIFCxxx). Costs additionally 1600 SEK/sample compared to standard protocol.
    • Recommended amount 400 ng (minimum amount 200 ng)
    • Concentration: >8 ng/ul

Sample source: Blood, tissue, saliva, cell free DNA. Due of bacterial contamination, Clinical Genomics do not guarantee successful sequencing of saliva samples.

Container:

  • Tubes:
    • 0.5 - 2 mL (e.g. Eppendorf)
    • Tubes with flip caps
    • Tubes with screw caps, external thread (mark tube and cap with sample id)
  • Use a whole 96-well plate if submitting more than 8 samples. Use following plate and seal:
    • Plate: Eppendorf twin.tec 96 PCR plate (full-skirted). Eppendorf, cat#: 951020427
    • Seal: Domed cap strips. Thermo Scientific, cat#: AB0602.
    • Samples should be loaded on the plate in columns wise and not in row wise. Sample 1 should be in well A1, sample 2 in well B1, sample 3 in C1, etc.
    • Seal plate thoroughly to avoid contamination between wells.

Metagenomic DNA (PCR-free protocol)

Amount:

Always submit >15 ul. However, ensure that the total amount of DNA is sufficient (see below).

  • DNA PCR-free (MExPCFRxxx):
    • Recommended amount: 2500 ng (minimum amount 1300 ng)
    • Concentration: >25 ng/ul
  • Low-input PCR-free (MExLIFRxxx). Costs additionally 1600 SEK/sample compared to standard protocol.
    • Recommended amount 400 ng (minimum amount 200 ng)
    • Concentration: >8 ng/ul

Container:

Samples must be delivered in the following storage devices.

  • 96-well PCR plate (preferably Eppendorf twin.tec cat#: 951020427). Airtight sealed, e.g. Thermo Scientific™ Adhesive PCR Foil Plate Seal (Fisher AB-0626).
  • Samples should be loaded on the plate in columns wise and not in row wise. Sample 1 should be in well A1, sample 2 in well B1, sample 3 in C1, etc.
  • Seal plate thoroughly to avoid contamination between wells.

Whole genome sequencing of microbial DNA (PCR-based protocol).

For application MWXNXTR003, analysis of samples will be attempted once (i.e. no attempt to analyze drop out samples, or samples that do not achieve target of 50x coverage). All submitted samples will be invoiced. Negative controls should be named NTC# (where #=1,2,3 etc.)

Note: In order to benefit from the development work we have done on reducing the cost of microbial whole genome sequencing, we request that all projects submitted for this analysis fully adhere to the instructions provided below. Lack of compliance may lead to Clinical Genomics being unable to accept the samples for sequencing, or alternatively refer the samples to a different microbial whole genome sequencing workflow. The alternative workflows are more expensive.

Amount:

  • Nextera DNA Sample Preparation Kit (MWxNXTR003):
    • Recommended amount: 50 ng
    • Concentration: All samples must be normalized to 5- 15 ng/ul
    • Volume: >15 ul

Container:

Samples must be delivered in the following storage devices.

  • 96-well PCR plate (preferably Eppendorf twin.tec cat#: 951020427). Airtight sealed, e.g. Thermo Scientific™ Adhesive PCR Foil Plate Seal (Fisher AB-0626).
  • Samples should be loaded on the plate in columns wise and not in row wise. Sample 1 should be in well A1, sample 2 in well B1, sample 3 in C1, etc. Note: Leave column 12, A12-H12, empty. This column is used for internal controls.
  • Seal plate thoroughly to avoid contamination between wells.
  • If sending more than one plate fill all the plates, except the last plate, with 88 samples. Only the last plate can have less than 88 samples.

Extraction:

  • We recommend that each plate should include a negative extraction control (using water/EB-buffer instead of sample).
  • Note: We do not analyze samples extracted with MagNaPure 96 (Roche). Please contact Clinical Genomics prior to submission if your samples already are extracted with this system.

Sample Buffer: Extracted DNA should be eluted in an EDTA-free solution (e.g. Nuclease-free water, EB-buffer). No TE/AE-buffer. Please contact Clinical Genomics prior to submission if your samples already are eluted in a buffer containing EDTA.


Transcriptome sequencing (RNA-seq)

Note that RNA-samples easily are degraded. It is important to minimize the number of freeze-thawing and to deliver them frozen.

Amount and quality:

Always submit >15 ul. However, ensure that the total amount of DNA is sufficient (see below).

  • Stranded mRNA (RNAPOARxxx, RNLPOARxxx):
    • Recommended amount: 600 ng (minimum amount 300 ng)
    • Concentration: >8 ng/ul
    • Recommended RNA integrity number (RIN-value): >8.0

Container:

  • Use a 96-well plate if submitting more than 8 samples. Use following plate and seal:
  • Plate: Eppendorf twin.tec 96 PCR plate (full-skirted). Eppendorf, cat#: 951020427.
  • Seal: Domed cap strips. Thermo Scientific, cat#: AB0602.
  • Samples should be loaded on the plate in columns wise and not in row wise. Sample 1 should be in well A1, sample 2 in well B1, sample 3 in C1, etc.
  • Seal plate thoroughly to avoid contamination between wells.
  • Tubes:
  • 0.5 - 2 mL (e.g. Eppendorf)
  • Tubes with flip caps
  • Tubes with screw caps, external thread (mark tube and cap with sample id)

Senast uppdaterad av webmaster

Last Updated