For English version, click here

Provkrav

Viktigt! Om inte provkraven följs, kan konsekvensen bli mindre komplexa bibliotek vilket kan påverka datakvaliteten negativt.

Om nedan angivna provkrav uppfylls men analysen trots det misslyckas gör vi alltid ett nytt analysförsök (förutsatt att ”rekommenderad mängd” prov har skickats). Om även den andra analysomgången skulle misslyckas, så faktureras en analys, i och med att det antas vara provrelaterade problem. Detta gäller ej den mikrobiella applikationen MWXNXxR002 (>176 prover).

Om era prover inte uppfyller provkraven nedan, kontakta Clinical Genomics innan prover skickas in.

Innehållsförteckning:

Table of contents:


Panel- och helexomsekvensering

Mängd:

Viktigt! Om inte provkraven följs (med för låg koncentration och/eller volym), kan konsekvensen bli mindre komplexa bibliotek vilket kan påverka datakvaliteten negativt.

Koncentrationsmätningen måste göra med fluorescencebaserat instrument, t.ex. Qubit (Invitrogen), inte med absorbansmätning.

Skicka 15 - 130 ul prov, men se till att rekommenderad totalmängd DNA uppnås (se nedan).

Panel- och helexomsekvensering (PAxKTTRxxx, EXxKTTRxxx):

  • Rekommenderad mängd: 500 ng (men vi preparerar även lägre mängder, ner till 10 ng)
  • Koncentration: > 14 ng/ul

För cfDNA-prover, skicka allt tillgängligt material. För frågor kontakta support@clinicalgenomics.se.

Om totalmängden DNA är < 250 ng, kommer allt tillgängligt material användas till en bibliotekspreparation. Detta innebär att en andra preparation inte är möjlig, om den första mot förmodan skulle misslyckas. Om ni av någon anledning vill att vi INTE använder hela mängden DNA, kontakta oss i samband med beställningen. En högre ingångsmängd ökar möjligheterna att generera ett bibliotek med stor komplexitet och hög kvalitet.

Provursprung: Blod, vävnad, saliv, cellfritt DNA. P.g.a. hög risk av bakteriell kontaminering, kan Clinical Genomics ej garantera hög analyskvalitet för salivprover.

Provbehållare:

  • 1 - 3 prover: 96-hålsplatta eller 0.5 - 2 mL rör
  • > 4 prover: 96-hålsplatta

Information om 96-håls plattor:

  • Använd Eppendorf twin.tec 96 PCR plates, full-skirted (Eppendorf, cat#: 951020427 eller cat#: 0030 128.656)
  • Lägg proverna kolumnvis och börja med kolumn 1, dvs. prov 1 i A1, prov 2 i B1 osv. OBS! Inga tomma brunnar kan lämnas mellan prover.
  • När fler än en platta skickas in får endast den sista plattan innehålla färre än 96 prover.
  • Förslut plattan väl för att undvika kontamination mellan brunnar, exempelvis med Thermo Scientific™ Adhesive PCR Foil Plate Seal (Fisher AB-0626).

Information om rör:

  • 0.5 - 2 mL rör (t.ex. Eppendorf)
  • Rören måste ha "flip caps" eller skruvlock med utvändiga gängor (markera både rör och lock med prov-id)

Buffert:

  • DNA- provet ska elueras med nukleasfritt vatten eller Tris-HCl pH 8-8.5.
  • Bufferten får inte innehålla några enzyminhiberande komponenter så som EDTA och Natriumazid. Varken TE- eller AE-buffert kan användas. Enzyminhiberande komponenter påverkar bibliotekens komplexitet negativt.

Bait sets:

Vid beställning av helexomsekvensering (EXxKTTRxxx) behöver bait set ej specificeras i ordern, utan för alla EXxKTTRxxx-applikationer används: Twist Comprehensive Exome Panel (täcker ca 37 Mb av de mänskliga proteinkodande regionerna).

Vid panelsekvensering (PANKTTRxxx) måste bait set specificeras i ordern, med något av nedan följande alternativ. Kontakta Clinical Genomics om ni önskar lägga till ett nytt bait set eller vill ha mer information om tillgängliga bait set.

  • GMCKsolid
  • GMSmyeloid
  • GMSlymphoid
  • GMSsolid

Helgenomsekvensering av humant DNA (PCR-fritt protokoll)

Mängd:

Viktigt! Om inte provkraven följs (med för låg koncentration och/eller volym), kan konsekvensen bli mindre komplexa bibliotek vilket kan påverka datakvaliteten negativt.

Koncentrationsmätningen måste göra med fluorescencebaserat instrument, t.ex. Qubit (Invitrogen), inte med absorbansmätning.

Skicka alltid >15 ul prov, men se till att rekommenderad mängd DNA uppnås (se nedan).

DNA PCR-free (WGxPCFCxxx):

  • Rekommenderad mängd: 2500 ng (minimum 1300 ng)
  • Koncentration: > 25 ng/ul

Low-input DNA PCR-free (WGxLIFCxxx), 1600 kr/prov dyrare än standard PCR-free:

  • Rekommenderad mängd: 400 ng (minimum 200 ng)
  • Koncentration: > 8 ng/ul

Provursprung: Blod, vävnad (ej FFPE), och saliv. P.g.a. hög risk av bakteriell kontaminering, kan Clinical Genomics ej garantera hög analyskvalitet för salivprover.

Provbehållare:

  • 1 - 3 prover: 96-hålsplatta eller 0.5 - 2 mL rör
  • > 4 prover: 96-hålsplatta

Information om 96-håls plattor:

  • Använd Eppendorf twin.tec 96 PCR plates, full-skirted (Eppendorf, cat#: 951020427 eller cat#: 0030 128.656)
  • Lägg proverna kolumnvis och börja med kolumn 1, dvs. prov 1 i A1, prov 2 i B1 osv. OBS! Inga tomma brunnar kan lämnas mellan prover.
  • När fler än en platta skickas in får endast den sista plattan innehålla färre än 96 prover.
  • Förslut plattan väl för att undvika kontamination mellan brunnar, exempelvis med Thermo Scientific™ Adhesive PCR Foil Plate Seal (Fisher AB-0626).

Information om rör:

  • 0.5 - 2 mL rör (t.ex. Eppendorf)
  • Rören måste ha "flip caps" eller skruvlock med utvändiga gängor (markera både rör och lock med prov-id)

Metagenomisk sekvensering av DNA (PCR-fritt protokoll)

Viktigt! Om inte provkraven följs (med för låg koncentration och/eller volym), kan konsekvensen bli mindre komplexa bibliotek vilket kan påverka datakvaliteten negativt.

Mängd:

Koncentrationsmätningen måste göra med fluorescencebaserat instrument, t.ex. Qubit (Invitrogen), inte med absorbansmätning.

Skicka alltid >15 ul prov, men se till att rekommenderad mängd DNA uppnås (se nedan).

DNA PCR-free (MExPCFRxxx):

  • Rekommenderad mängd: 2500 ng (minimum 1300 ng)
  • Koncentration: > 25 ng/ul

Low-input PCR-free (MExLIFRxxx), 1600 kr/prov dyrare än standard PCR-free:

  • Rekommenderad mängd: 400 ng (minimum 200 ng)
  • Koncentration: > 8 ng/ul

Provbehållare:

  • 1 - 3 prover: 96-hålsplatta eller 0.5 - 2 mL rör
  • > 4 prover: 96-hålsplatta

Information om 96-håls plattor:

  • Använd Eppendorf twin.tec 96 PCR plates, full-skirted (Eppendorf, cat#: 951020427 eller cat#: 0030 128.656)
  • Lägg proverna kolumnvis och börja med kolumn 1, dvs. prov 1 i A1, prov 2 i B1 osv. OBS! Inga tomma brunnar kan lämnas mellan prover.
  • När fler än en platta skickas in får endast den sista plattan innehålla färre än 96 prover.
  • Förslut plattan väl för att undvika kontamination mellan brunnar, exempelvis med Thermo Scientific™ Adhesive PCR Foil Plate Seal (Fisher AB-0626).

Information om rör:

  • 0.5 - 2 mL rör (t.ex. Eppendorf)
  • Rören måste ha "flip caps" eller skruvlock med utvändiga gängor (markera både rör och lock med prov-id)

Helgenomsekvensering av mikrobiellt DNA (PCR-baserat protokoll)

Viktigt! Om inte provkraven följs (med för låg koncentration och/eller volym), kan konsekvensen bli mindre komplexa bibliotek vilket kan påverka datakvaliteten negativt.

Notera att för applikationen MWXNXTR003 (> 176 prover) kommer enstaka prover inte köras om vid misslyckad analys. Alla prover faktureras oavsett analysresultat. Negativa kontroller bör namnges NTC# (där #=1,2,3 osv).

Kontakta Clinical Genomics innan beställning om proverna har extraherats med MagNA Pure 96 eller Maelstrom extraktionssystem.

OBS: för att kunna erbjuda ett så lågt pris som möjligt för denna analys är det ett absolut krav att prover lämnas in enligt angivelser nedan. Avvikande prover/projekt faktureras extra.

Mängd:

Koncentrationsmätningen måste göra med fluorescencebaserat instrument, t.ex. Qubit (Invitrogen), inte med absorbansmätning.

  • Nextera DNA Sample Preparation Kit (MWxNXTR003):
    • Rekommenderad mängd: 50 ng
    • Koncentration: Prover måste normaliseras till 5 - 15 ng/ul
    • Volym: > 15 ul

Provbehållare:

  • 1 - 3 prover: 96-hålsplatta eller 0.5 - 2 mL rör
  • > 4 prover: 96-hålsplatta

Information om 96-håls plattor:

  • Använd Eppendorf twin.tec 96 PCR plates, full-skirted (Eppendorf, cat#: 951020427 eller cat#: 0030 128.656)
  • Lägg proverna kolumnvis och börja med kolumn 1, dvs. prov 1 i A1, prov 2 i B1 osv. OBS: Lämna kolumn 12 (A12- H12) tom. Denna kolumn används för interna negativa kontroller.
  • Max antal prover per platta är således 88 st. När fler än en platta skickas in får endast den sista plattan innehålla färre än 88 prover.
  • Lämna inga tomma brunnar mellan prover
  • Förslut plattan väl för att undvika kontamination mellan brunnar, exempelvis med Thermo Scientific™ Adhesive PCR Foil Plate Seal (Fisher AB-0626)

Information om rör:

  • 0.5 - 2 mL rör (t.ex. Eppendorf)
  • Rören måste ha "flip caps" eller skruvlock med utvändiga gängor (markera både rör och lock med prov-id)

Extraktion:

  • Vi rekommenderar att varje extraktion innehåller minst en negativ kontroll.
  • OBS: Vi tar ej emot prover extraherade på MagNApure 96 (Roche). Kontakta Clinical Genomics före beställning om prover redan är extraherade på detta sätt.

Buffert:

  • Proverna får ej elueras i buffert innehållandes enzyminhiberande komponenter så som EDTA och Natriumazid. Varken TE- eller AE-buffert kan användas. Enzyminhiberande komponenter påverkar bibliotekens komplexitet negativt.
  • Exempel på buffertar som fungerar bra är nukleasfritt vatten eller Tris-HCl pH 8-8.5 (t.ex. EB buffert)
  • Kontakta Clinical Genomics före beställning om prover redan är eluerade i ej tillåtna buffertar.

Amplikonsekvensering (PCR-baserat protokoll)

Viktigt! Om inte provkraven följs (med för låg koncentration och/eller volym), kan konsekvensen bli mindre komplexa bibliotek vilket kan påverka datakvaliteten negativt.

Amplikonerna behöver ha en längd > 150 bp.

Mängd:

Koncentrationsmätningen måste göra med fluorescencebaserat instrument, t.ex. Qubit (Invitrogen), inte med absorbansmätning.

  • DNA tagmentation protocol (VWGDPTR003):
    • Minimum mängd: 100 ng
    • Volym: > 25 ul

Provbehållare:

  • 1 - 3 prover: 96-hålsplatta eller 0.5 - 2 mL rör
  • > 4 prover: 96-hålsplatta

Information om 96-håls plattor:

  • Använd Eppendorf twin.tec 96 PCR plates, full-skirted (Eppendorf, cat#: 951020427 eller cat#: 0030 128.656)
  • Lägg proverna kolumnvis och börja med kolumn 1, dvs. prov 1 i A1, prov 2 i B1 osv. OBS! Inga tomma brunnar kan lämnas mellan prover.
  • När fler än en platta skickas in får endast den sista plattan innehålla färre än 96 prover.
  • Förslut plattan väl för att undvika kontamination mellan brunnar, exempelvis med Thermo Scientific™ Adhesive PCR Foil Plate Seal (Fisher AB-0626)

Information om rör:

  • 0.5 - 2 mL rör (t.ex. Eppendorf)
  • Rören måste ha "flip caps" eller skruvlock med utvändiga gängor (markera både rör och lock med prov-id)

Buffert:

  • Proverna får ej elueras i buffert innehållandes enzyminhiberande komponenter så som EDTA och Natriumazid. Varken TE- eller AE-buffert kan användas. Enzyminhiberande komponenter påverkar bibliotekens komplexitet negativt.
  • Exempel på buffertar som fungerar bra är nukleasfritt vatten eller Tris-HCl pH 8-8.5 (t.ex. EB buffert)
  • Kontakta Clinical Genomics före beställning om prover redan är eluerade i ej tillåtna buffertar.

Transkriptomsekvensering (RNA-seq)

Viktigt! Om inte provkraven följs (med för låg koncentration och/eller volym), kan konsekvensen bli mindre komplexa bibliotek vilket kan påverka datakvaliteten negativt.

RNA prover är känsliga för degradering och skall levereras som frysleverans, helst på torris. Inför leverans av RNA-prover behöver Clinical Genomics kontaktas och en specifik inlämningstid bestämmas.

Mängd och RNA kvalitet:

Koncentrationsmätningen måste göra med fluorescencebaserat instrument, t.ex. Qubit (Invitrogen), inte med absorbansmätning.

Skicka alltid >15 ul prov, men se till att toalmängd DNA uppnås (se nedan).

  • Stranded mRNA (RNxPOARxxx):
    • Rekommenderad mängd: 800 ng
    • Koncentration: > 16 ng/ul
    • Rekommenderat RIN-värde (RNA integrated value): > 8.0

Provbehållare:

  • 1 - 3 prover: 96-hålsplatta eller 0.5 - 2 mL rör
  • > 4 prover: 96-hålsplatta

Information om 96-håls plattor:

  • Skicka maximalt in 30 prover per platta
  • Använd Eppendorf twin.tec 96 PCR plates, full-skirted (Eppendorf, cat#: 951020427 eller cat#: 0030 128.656)
  • Lägg proverna kolumnvis och börja med kolumn 1, dvs. prov 1 i A1, prov 2 i B1 osv. OBS! Inga tomma brunnar kan lämnas mellan prover.
  • Förslut plattan väl för att undvika kontamination mellan brunnar, exempelvis med Thermo Scientific™ Adhesive PCR Foil Plate Seal (Fisher AB-0626).

Information om rör:

  • 0.5 - 2 mL rör (t.ex. Eppendorf)
  • Rören måste ha "flip caps" eller skruvlock med utvändiga gängor (markera både rör och lock med prov-id)

Sample requirements

Important! If the sample requirements are not followed (with too low concentration and/or volume), the consequence could be less complex libraries and negatively affected data quality.

If a submitted sample fulfills the requirements but analysis fail we will do a second attempt to analyze the sample (granted that there is enough material). If the second analysis fails we will invoice the failed samples. This is not adapted to the microbial application MWXNXxR002 ((>176 prover), see section Microbial WGS below.

If samples fail the requirements, please contact Clinical Genomics prior to sample submission.


Panel- and Whole Exome sequencing

Amount:

Important! If the sample requirements are not followed (with too low concentration and/or volume), the consequence could be less complex libraries and negatively affected data quality.

DNA concentration needs to be measured with fluorometric measurements e.g. Qubit (Invitrogen), not with absorbance measurements.

Submit 15 - 130 ul. However, ensure that the total amount of DNA is sufficient (see below).

Panel- and whole exome sequencing (PAxKTTRxxx, EXxKTTRxxx):

  • Recommended amount: 500 ng (but we also prepare libraries from lower amounts, down to 10 ng)
  • Concentration: > 14 ng/ul

For cfDNA, please send all available DNA. For questions contact support@clinicalgenomics.se.

If the total amount of DNA is < 250 ng, all available material will be used for one library preparation. A higher input amount increases the likelihood of generating a library of high quality and complexity. This means that a second preparation is not possible, if the first preparation would fail for any reason. If you would like us to NOT use the whole amount of DNA, contact us when placing the order.

Sample source: Blood, tissue, saliva, cell free DNA. Due of bacterial contamination, Clinical Genomics do not guarantee successful sequencing of saliva samples.

Container:

  • 1 - 3 samples: 96 well plate or 0.5 - 2 mL tubes
  • > 4 samples: 96 well plate

Information about the 96 well plates:

  • Use Eppendorf twin.tec 96 PCR plates, full-skirted (Eppendorf, cat#: 951020427 or cat#: 0030 128.656)
  • Load the samples into the plate column wise and not row wise. Sample 1 should be in well A1, sample 2 in well B1 etc. Note! Do not leave any empty wells in between samples.
  • If sending more than one plate, only the last plate can contain less than 96 samples.
  • Seal the plate tightly to avoid contamination between wells, with for example Thermo Scientific™ Adhesive PCR Foil Plate Seal (Fisher AB-0626).

Information about the tubes:

  • 0.5 - 2 mL tubes (for example Eppendorf)
  • Tubes must have flip caps or screw caps with external thread (mark tube and cap with sample id).

Sample buffer:

  • The DNA sample should be eluted in nuclease- free water or Tris-HCl pH 8-8.5.
  • The buffer must not contain any enzyme inhibitors such as EDTA or Sodium azide. TE- or AE buffer cannot be used. Enzyme inhibiting components have a negative effect on the library complexity.

Bait sets:

When ordering whole exome sequencing (EXxKTTRxxx), a bait set should not be specified in the order, since for all EXxKTTRxxx-applications Twist Comprehensive Exome Panel (which covers ca 37 Mb of human protein coding regions) is used.

When ordering panel sequencing (PAxKTTRxxx) bait set has to be specified in the order, with one of the options below. Contact Clinical Genomics if you wish to add a new bait set or want to have more information about available bait sets.

  • GMCKsolid
  • GMSmyeloid
  • GMSlymphoid
  • GMSsolid

Whole Genome Sequencing of human DNA (PCR-free protocol)

Amount:

Important! If the sample requirements are not followed (with too low concentration and/or volume), the consequence could be less complex libraries and negatively affected data quality.

DNA concentration needs to be measured with fluorometric measurements e.g. Qubit (Invitrogen), not with absorbance measurements.

Always submit >15 ul. However, ensure that the total amount of DNA is sufficient (see below).

  • DNA PCR-free (WGxPCFCxxx):
    • Recommended amount: 2500 ng (minimum amount 1300 ng)
    • Concentration: > 25 ng/ul
  • Low-input DNA PCR-free (WGxLIFCxxx), costs additionally 1600 SEK/sample compared to standard protocol:
    • Recommended amount: 400 ng (minimum amount 200 ng)
    • Concentration: > 8 ng/ul

Sample source: Blood, tissue (not FFPE), saliva, cell free DNA. Due of bacterial contamination, Clinical Genomics do not guarantee successful sequencing of saliva samples.

Container:

  • 1 - 3 samples: 96 well plate or 0.5 - 2 mL tubes
  • > 4 samples: 96 well plate

Information about the 96 well plates:

  • Use Eppendorf twin.tec 96 PCR plates, full-skirted (Eppendorf, cat#: 951020427 or cat#: 0030 128.656)
  • Load the samples into the plate column wise and not row wise. Sample 1 should be in well A1, sample 2 in well B1 etc. Note! Do not leave any empty wells in between samples.
  • If sending more than one plate, only the last plate can contain less than 96 samples.
  • Seal the plate tightly to avoid contamination between wells, with for example Thermo Scientific™ Adhesive PCR Foil Plate Seal (Fisher AB-0626).

Information about the tubes:

  • 0.5 - 2 mL tubes (for example Eppendorf)
  • Tubes must have flip caps or screw caps with external thread (mark tube and cap with sample id).

Metagenomic DNA sequencing (PCR-free protocol)

Amount:

Important! If the sample requirements are not followed (with too low concentration and/or volume), the consequence could be less complex libraries and negatively affected data quality.

DNA concentration needs to be measured with fluorometric measurements e.g. Qubit (Invitrogen), not with absorbance measurements.

Always submit > 15 ul. However, ensure that the total amount of DNA is sufficient (see below).

  • DNA PCR-free (MExPCFRxxx):
    • Recommended amount: 2500 ng (minimum amount 1300 ng)
    • Concentration: > 25 ng/ul
  • Low-input PCR-free (MExLIFRxxx), costs additionally 1600 SEK/sample compared to standard protocol:
    • Recommended amount: 400 ng (minimum amount 200 ng)
    • Concentration: > 8 ng/ul

Container:

  • 1 - 3 samples: 96 well plate or 0.5 - 2 mL tubes
  • > 4 samples: 96 well plate

Information about the 96 well plates:

  • Use Eppendorf twin.tec 96 PCR plates, full-skirted (Eppendorf, cat#: 951020427 or cat#: 0030 128.656)
  • Load the samples into the plate column wise and not row wise. Sample 1 should be in well A1, sample 2 in well B1 etc. Note! Do not leave any empty wells in between samples.
  • If sending more than one plate, only the last plate can contain less than 96 samples.
  • Seal the plate tightly to avoid contamination between wells, with for example Thermo Scientific™ Adhesive PCR Foil Plate Seal (Fisher AB-0626).

Information about the tubes:

  • 0.5 - 2 mL tubes (for example Eppendorf)
  • Tubes must have flip caps or screw caps with external thread (mark tube and cap with sample id).

Whole genome sequencing of microbial DNA (PCR-based protocol)

Important! If the sample requirements are not followed (with too low concentration and/or volume), the consequence could be less complex libraries and negatively affected data quality.

For application MWXNXTR003, analysis of samples will be done once (i.e. no attempt to analyze drop out samples, or samples that do not achieve target of 50x coverage). All submitted samples will be invoiced. Negative controls should be named NTC# (where #=1,2,3 etc.).

Please contact Clinical Genomics before the order if the samples have been extracted with MagNA Pure 96 or Maelstrom extraction systems.

Note: In order to benefit from the development work we have done on reducing the cost of microbial whole genome sequencing, we request that all projects submitted for this analysis fully adhere to the instructions provided below. Lack of compliance may lead to Clinical Genomics being unable to accept the samples for sequencing, or alternatively refer the samples to a different microbial whole genome sequencing workflow. The alternative workflows are more expensive.

Amount:

DNA concentration needs to be measured with fluorometric measurements e.g. Qubit (Invitrogen), not with absorbance measurements.

  • Nextera DNA Sample Preparation Kit (MWxNXTR003):
    • Recommended amount: 50 ng
    • Concentration: All samples must be normalized to 5- 15 ng/ul
    • Volume: > 15 ul

Container:

  • 1 - 3 samples: 96 well plate or 0.5 - 2 mL tubes
  • > 4 samples: 96 well plate

Information about the 96 well plates:

  • Use Eppendorf twin.tec 96 PCR plates, full-skirted (Eppendorf, cat#: 951020427 or cat#: 0030 128.656)
  • Load the samples into the plate column wise and not row wise. Sample 1 should be in well A1, sample 2 in well B1 etc. Note! Leave column 12, A12-H12, empty. This column is used for internal controls.
  • If sending more than one whole plate, fill all plates with 88 samples. Only the last plate can have less than 88 samples.
  • Do not leave any empty wells between two samples
  • Seal the plate tightly to avoid contamination between wells, with for example Thermo Scientific™ Adhesive PCR Foil Plate Seal (Fisher AB-0626).

Information about the tubes:

  • 0.5 - 2 mL tubes (for example Eppendorf)
  • Tubes must have flip caps or screw caps with external thread (mark tube and cap with sample id).

Extraction:

  • We recommend that each plate should include a negative extraction control (using water/EB-buffer instead of sample).
  • Note! We do not analyze samples extracted with MagNaPure 96 (Roche). Please contact Clinical Genomics prior to submission if your samples already are extracted with this system.

Sample Buffer:

  • Extracted DNA cannot be eluted in buffers containing enzyme inhibiting components such as EDTA or Natriumazid. TE- or AE buffer cannot be used. Enzyme inhibiting components have a negative effect on the library complexity.
  • Examples of buffers that are accetable to use are nuclease-free water or buffer EB.
  • Please contact Clinical Genomics prior to submission if your samples already are eluted in non accepted buffers.

Amplicon sequencing (PCR-based protocol)

Important! If the sample requirements are not followed (with too low concentration and/or volume), the consequence could be less complex libraries and negatively affected data quality.

The amplicons need to have a size > 150 bp.

Amount:

DNA concentration needs to be measured with fluorometric measurements e.g. Qubit (Invitrogen), not with absorbance measurements.

  • DNA tagmentation protocol (VWGPDTR003):
    • Minimum amount: 100 ng
    • Volume: > 25 ul

Container:

  • 1 - 3 samples: 96 well plate or 0.5 - 2 mL tubes
  • > 4 samples: 96 well plate

Information about the 96 well plates:

  • Use Eppendorf twin.tec 96 PCR plates, full-skirted (Eppendorf, cat#: 951020427 or cat#: 0030 128.656)
  • Load the samples into the plate column wise and not row wise. Sample 1 should be in well A1, sample 2 in well B1 etc. Note! Do not leave any empty wells in between samples.
  • If sending more than one plate, only the last plate can contain less than 96 samples.
  • Seal the plate tightly to avoid contamination between wells, with for example Thermo Scientific™ Adhesive PCR Foil Plate Seal (Fisher AB-0626).

Information about the tubes:

  • 0.5 - 2 mL tubes (for example Eppendorf)
  • Tubes must have flip caps or screw caps with external thread (mark tube and cap with sample id).

Sample Buffer:

  • Extracted DNA cannot be eluted in buffers containing enzyme inhibiting components such as EDTA or Natriumazid. TE- or AE buffer cannot be used. Enzyme inhibiting components have a negative effect on the library complexity.
  • Examples of buffers that are accetable to use are nuclease-free water or buffer EB.
  • Please contact Clinical Genomics prior to submission if your samples already are eluted in non accepted buffers.

Transcriptome sequencing (RNA-seq)

Important! If the sample requirements are not followed (with too low concentration and/or volume), the consequence could be less complex libraries and negatively affected data quality.

RNA-samples easily are degraded, therefore it is important to minimize the number of freeze-thawing and to deliver them frozen, preferably on dry ice. Before handing in RNA samples, contact Clinical Genomics and arrange a specific delivery time!

Amount and quality:

DNA concentration needs to be measured with fluorometric measurements e.g. Qubit (Invitrogen), not with absorbance measurements.

Always submit >15 ul. However, ensure that the total amount of DNA is sufficient (see below).

  • Stranded mRNA (RNxPOARxxx):
    • Recommended amount: 800 ng
    • Concentration: > 16 ng/ul
    • Recommended RNA integrity number (RIN-value): > 8.0

Container:

  • 1 - 3 samples: 96 well plate or 0.5 - 2 mL tubes
  • > 4 samples: 96 well plate

Information about the 96 well plates:

  • Send maximum 30 samples per plate
  • Use Eppendorf twin.tec 96 PCR plates, full-skirted (Eppendorf, cat#: 951020427 or cat#: 0030 128.656)
  • Load the samples into the plate column wise and not row wise. Sample 1 should be in well A1, sample 2 in well B1 etc. Note! Do not leave any empty wells in between samples.
  • Seal the plate tightly to avoid contamination between wells, with for example Thermo Scientific™ Adhesive PCR Foil Plate Seal (Fisher AB-0626).

Information about the tubes:

  • 0.5 - 2 mL tubes (for example Eppendorf)
  • Tubes must have flip caps or screw caps with external thread (mark tube and cap with sample id).

Senast uppdaterad av webmaster

Last Updated